工藤新一是全国闻名的高中生侦察，在一次清查黑衣人犯法团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了奇异的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了常常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造很多奸细兵器。为了不犯法团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中清查他们，巴望能获得解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家根究男伴侣的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了本身名叫江户川柯南，随后柯南借居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦察，新一可以籍着和他一路四出办案一路清查黑夜人的下落。柯南在小学熟谙步美等小弟子，他们一路机关了一个少年侦察团，向罪犯宣战！